По решению № 279 от 24 июня 1994г. правительства РА, затем по приказу министра обороны РА от 25 июня было сформировано Высшее военное разноплановое командное училище (ВВРКУ). Первым начальником Училища был назначен генерал-майор Сергей Саакович Мартиросян. В последующие годы эту должность занимали полковник Александр Григорьевич Минасян, генерал-майор Ашот Седракович Петросян, генерал-лейтенант Аршалуйс Завенович Пайтян, генерал-лейтенант Степан Ваганович Мирзоян, генерал-лейтенант Гарегин Ашотович Габриелян. В настоящее время начальником Военного института является генерал-майор Мартин Назарович Карапетян. 1-го сентября 1994г. Училище в первый раз открыло свои двери для курсантов. По приказу министра обороны РА от 1 ноября 1994г. Военная кафедра ЕГУ полностью была передана ВВРКУ. Исходя из задач новосозданной армии, в начальный период Училище готовило специалистов по 8-ми специальностям. Одновременно на базе Училища проводились годичные курсы для окончивших ВУЗы молодых ребят. По приказу № 24 от 16 января 1998г. правительства РА, ВВРКУ МО РА было переформировано в Военный институт. В тот же год Институт дал своих первых выпускников. По Указу президента РА и приказу министра обороны РА от 8 февраля 2000г., Институт стал носить имя Вазгена Саркисяна. По Сертификату Президента РА от 12 февраля 2000г., Институту было вручено боевое знамя как символ военной чести, славы и отваги. С 27 января 2004г. начал действовать Центр повышения квалификации офицерских кадров (ЦПКОК). 1-го сентября 2005г. открылся новый учебный корпус. С 2003г., интегрируясь в систему государственных ВУЗ-ов РА, Военный институт стал полноправным членом Совета государственных ВУЗ-ов республики.