ՀՀ կառավարության 1994թ. հունիսի 24-ի թիվ 279 որոշմամբ, ապա ՀՀ պաշտպանության նախարարի հունիսի 25-ի հրամանով կազմավորվեց ՀՀ ՊՆ բարձրագույն զինվորական բազմաբնույթ հրամանատարական ուսումնարանը («ԲԶԲՀՈւ»): Ուսումնարանի առաջին պետ նշանակվեց գեներալ-մայոր Սերգեյ Սահակի Մարտիրոսյանը: Հետագա տարիներին այդ պաշտոնը զբաղեցրել են գնդապետ Ալեքսանդր Գրիգորի Մինասյանը, գեներալ-մայոր Աշոտ Սեդրակի Պետրոսյանը, գեներալ-լեյտենանտ Արշալույս Զավենի Փայտյանը, գեներալ-լեյտենանտ Ստեփան Վահանի Միրզոյանը, գեներալ-լեյտենանտ Գարեգին Աշոտի Գաբրիելյանը: Այժմ Ռազմական ինստիտուտի պետն է գեներալ-մայոր Մարտին Նազարի Կարապետյանը:

1994թ. սեպտեմբերի 1-ին ուսումնարանն առաջին անգամ իր դռները բացեց կուրսանտների առաջ: ՀՀ պաշտպանության նախարարի 1994թ. նոյեմբերի 1-ի հրամանով ԵՊՀ զինվորական ամբիոնն ամբողջովին հանձնվեց ԲԶԲՀ ուսումնարանին:

Նորաստեղծ բանակի խնդիրներից ելնելով` ուսումնարանը սկզբնական շրջանում զինվորական մասնագետներ էր պատրաստում 8 մասնագիտությունների գծով: Միաժամանակ ուսումնարանի բազայի վրա անցկացվում էին մեկամյա դասընթացներ, որտեղ ընդունվում էին ՀՀ բուհերն ավարտած երիտասարդներ:

ՀՀ կառավարության` 1998թ. հունվարի 16-ի թիվ 24 որշմամբ ՀՀ ՊՆ բարձրագույն զինվորական բազմաբնույթ զինվորական ուսումնարանը վերակազմավորվեց Ռազմական ինստիտուտի: Նույն թվականին էլ Ռազմական ինստիտուտը տվեց իր առաջին շրջանավարտները:
ՀՀ Նախագահի հրամանագրով և ՀՀ պաշտպանության նախարարի 2000թ. փետրվարի 8-ի հրամանով ՀՀ ռազմական ինստիտուտը վերանվանվեց Վազգեն Սարգսյանի անունով:

ՀՀ նախագահի` 2000թ. փետրվարի 12 վկայագրով ինստիտուտին հանձնվեց մարտական դրոշ` որպես զինվորական պատվի, փառքի և արիության խորհրդանիշ:

2004թ. հունվարի 27-ից սկսեց գործել սպայական կադրերի որակավորման բարձրացման կենտրոնը («ՍԿՈԲԿ»):

2005թ. սեպտեմբերի 1-ին բացվեց նոր ուսումնական մասնաշենքը:

2003թ. սկսած, ինտեգրվելով ՀՀ պետական բուհերի համակարգում, Ռազմական ինստիտուտը դարձավ հանրապետության պետական բուհերի խորհրդի լիիրավ անդամ: