Ելնելով ժամանակի պահանջներից` 1992թ. Հայաստանի Հանրապետության կառավարության որոշումով հանրապետական աէրոակումբը և «Արզնի» օդանավակայանը փոխանցվեցին պաշտպանության նախարարության ենթակայությանը, որը Հայաստանի զինված ուժերի համար անհրաժեշտ ավիացիոն մասնագետների պատրաստման նպատակով պաշտպանության նախարարի հրամանի համաձայն` 1993թ. ապրիլի 1-ին վերակազմավորվեց` որպես ՀՀ ՊՆ ռազմաավիացիոն կենտրոն և դարձավ ՀՀ առաջին ռազմամասնագիտական հաստատությունը:

ՀՀ ՊՆ միջնորդությամբ 1994թ. սեպտեմբերի 20-ին կառավարության թիվ 447 որոշմամբ ռազմաավիացիոն կենտրոնին տրվեց միջնակարգ մասնագիտական ուսումնական կարգավիճակ` Ռազմաավիացիոն թռիչքատեխնիկական ուսումնարան անվանումով (ուսման տևողությունը 3 տարի):

Հաշվի առնելով ուսումնարանի պատրաստության աստիճանը և ելնելով սպա-մասնագետների ներկայացվող ժամանակակից պահանջներից` ՀՀ պաշտպանության նախարարի 25.05.2001թ. հրամանի համաձայն ուսումնարանը վերակազմավորվեց ՊՆ բարձրագույն ուսումնական հաստատության` ՀՀ ՊՆ Ռազմաավիացիոն ինստիտուտի, ուսուցումը ստացիոնար համակարգում` 4 տարի: 

Նախկինում ուսումնարանը ավարտած շրջանավարտներին բարձրագույն ինժեներական կրթություն ստանալու հնարավորություն ընձեռելու նպատակով կազմակերպվեց նաև եռամսյա հեռակա ուսուցում:

Ստեղծված ուսումնամեթոդական և լաբորատոր բավականին հարուստ բազայի առկայությունը, ճարտարագիտական պատրաստության մեծ աստիճանը` 2002թ. ինստիտուտին հնարավորություն տվեց կազմակերպել նաև ՀՀ ԶՈՒ սպա-կապավորների, իսկ 2005թ.` նաև հակաօդային պաշտպանության մասնագիտություններով սպաների պատրաստումը:

Ի նշանավորումն Մեծ Հայրենական պատերազմում տարած հաղթանակի 60-ամյակի` 2005թ. ՀՀ պաշտպանության նախարարի 01.04.2005թ. հրամանով ինստիտուտն սկսեց կրել մարշալ Արմենակ Խանփերյանցի անունը և նույն հրամանով Ռազմական ավիացիոն ինստիտուտին կարգադրվեց հանձնել մարտական դրոշը:

2004թ. ինստիտուտը անցավ ուսումնական գործընթացի կազմակերպման` ֆակուլտետային սկզբունքով: Հանրակրթական առարկաների ֆակուլտետը ապահովում է կուրսանտների գիտելիքների ընդհանուր ճարտարագիտական  բազան և ընդհանուր ռազմական պատրաստությունը: Մյուս երեք` ավիացիոն, կապի և հակաօդային պաշտպանության ֆակուլտետները մասնագիտացված են: