В 1992г. решением правительства Республики Армения республиканский аэроклуб и аэродром «Арзни» перешли в ведомство Министерства обороны РА и по приказу министра обороны 1 апреля 1993г. было создано военно-профессиональное учреждение РА.

По ходатайству МО РА 20 сентября 1994г. по решению правительства республики № 447, военно-авиационному центру был дан статус средне-специального учебного заведения под названием Военно-авиационное летно-техническое училище (срок учебы – 3 года).

По приказу МО РА № 392 от 25.05.2001г. Училище было переформировано в Военно-авиационный институт МО РА со стационарным обучением сроком на 4 года.

С целью предоставления возможности прежним выпускникам Училища получить высшее инженерное образование, было организовано 3-месячное заочное обучение. В 2002г. была организована подготовка офицеров-связистов ВС РА, а в 2005г. – офицеров специальностей противо-воздушной обороны.

По случаю 60-летия победы в Великой отечественной войне, по приказу МО РА № 351 от 01.04.2005г. Институт был назван именем маршала Арменака Ханперянца и тем же приказом Военно-авиационному институту было передано боевое знамя.

В 2004г Инстут перешел на факультетный принцип организации учебного процесса. Факультет общеобразовательных предметов обеспечивает общую инженерную базу знаний курсантов и общую военную подготовку. Остальные три факультета- Авиационный, Связи и Противо-воздушной обороны – специализированы.